Près de dix millions d’acteurs économiques basculent dans la facturation électronique au 1ᵉʳ septembre 2026. Pour une holding, ce chiffre cache une question plus fine: celle de savoir si la structure facture des prestations à ses filiales ou se contente d’encaisser des dividendes. C’est ce critère, pas la forme juridique, qui détermine l’entrée dans le périmètre de la réforme.
La SAS holding qui refacture 5 000 € de management fees par mois à sa filiale bascule pleinement dans l’émission. Une autre, identique sur le papier mais qui ne touche que des dividendes, reste hors champ pour l’émission tout en restant tenue de recevoir des factures électroniques. Le bon cadrage pour ce type de raisonnement profil par profil reste notre vue d’ensemble du choix d’une plateforme agréée selon le profil entreprise.
Choisir une plateforme agréée adaptée à une holding suppose donc de qualifier la structure avant de regarder les offres. Le tri se fait sur trois axes: le statut TVA réel, la taille du groupe consolidé, et les besoins opérationnels de gestion intersociétés. C’est l’angle de travail ici.
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Une holding est-elle vraiment concernée par la facturation électronique en 2026 ?
La réponse dépend uniquement du statut TVA, pas de la forme juridique. Trois profils coexistent dans la pratique, et chacun déclenche des obligations très différentes. Le tri se fait à partir de l’activité réellement déployée par la holding face à ses filiales.
La holding passive : hors champ en émission, dans le champ en réception
Une holding pure, dont l’unique objet est la détention de titres et la perception de dividendes, n’est pas considérée comme assujettie à la TVA. La jurisprudence européenne pose ce principe depuis l’arrêt Polysar Investments Netherlands de la Cour de justice (1991), repris depuis par la doctrine française. Elle ne facture rien, elle encaisse des flux financiers qui ne sont pas des factures.
Conséquence concrète: pas d’obligation d’émission au 1ᵉʳ septembre 2027. Mais la holding reste une personne morale en activité, donc elle doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses propres fournisseurs au 1ᵉʳ septembre 2026: expert-comptable, avocat, prestataire bancaire, frais juridiques. L’inscription à une plateforme agréée est donc bien obligatoire dès l’échéance de réception, même pour la holding la plus passive du marché.
La holding animatrice : pleinement assujettie sur les management fees
Dès qu’une holding facture des prestations à titre onéreux à ses filiales, elle bascule du côté assujetti. Management fees, refacturation de coûts, prestations d’assistance, mise à disposition de personnel: toutes ces opérations entrent dans le champ de la TVA et donc dans le champ de la facturation électronique au calendrier classique.
Le piège, c’est que beaucoup de holdings se déclarent passives par confort administratif alors qu’elles facturent ponctuellement des services. Une seule facture de prestation suffit à les faire basculer dans la catégorie animatrice. Un audit du parc factures interne, avant l’échéance, reste la seule façon de qualifier correctement le statut.
Pour les refacturations intragroupe, l’envoi d’un PDF par mail ou une simple inscription en compte courant ne suffit plus à partir du 1ᵉʳ septembre 2026. La facture de management fees devra obligatoirement transiter par une plateforme agréée du côté holding, puis être reçue par la plateforme de la filiale.
La holding mixte : le casse-tête du prorata de déduction
La majorité des holdings opérationnelles tombent en réalité dans une zone grise: elles facturent des prestations à leurs filiales et perçoivent des dividendes. Elles ne peuvent pas récupérer l’intégralité de la TVA sur leurs dépenses et doivent appliquer un coefficient de déduction calculé par produit de trois coefficients (assujettissement, taxation, admission).
Concrètement, une holding qui facture 60 000 € HT de management fees et touche 40 000 € de dividendes hors champ ne récupère qu’environ 60 % de la TVA sur ses frais généraux. La plateforme retenue doit savoir traiter ce prorata et le tracer dans les écritures comptables, sinon le calcul retombe sur l’expert-comptable à la clôture. Un point souvent négligé par les outils standards conçus pour des structures opérationnelles pures.
Quel calendrier s’applique selon la taille du groupe consolidé ?
Le calendrier officiel repose sur la taille de chaque entité prise isolément. Mais dans les groupes, deux situations brouillent cette lecture: la coexistence d’entités de tailles différentes et l’existence d’un régime de groupe TVA depuis 2022.
Le piège: holding PME avec filiales ETI
Légalement, une holding PME doit émettre ses factures électroniques au 1ᵉʳ septembre 2027. Mais si sa filiale principale est une ETI, cette dernière doit recevoir ses factures sous format électronique dès le 1ᵉʳ septembre 2026. Continuer à lui envoyer un PDF bloque sa comptabilité et sa récupération de TVA. En pratique, la holding PME devra émettre en e-invoicing dès septembre 2026 pour ne pas asphyxier sa filiale, soit un an avant son obligation officielle.
Ce décalage de calendrier est l’un des sujets les plus mal anticipés dans les groupes. L’audit à mener consiste à cartographier la taille de chaque entité et à aligner le démarrage opérationnel sur la plus précoce, jamais sur la plus tardive.
Le cas du groupe TVA depuis 2022
Depuis le 1ᵉʳ janvier 2022, un groupe peut opter pour un assujetti unique au sens de la TVA. Les flux internes au groupe (entre la holding et ses filiales membres) sortent du périmètre TVA et donc, en principe, du périmètre facture électronique. Seules les opérations avec des tiers extérieurs restent dans le champ, sous le numéro de TVA unique du groupe.
Conséquence inattendue: la taille à retenir pour le calendrier devient celle du groupe consolidé. Un groupe TVA composé de plusieurs PME, par agrégation, peut basculer en ETI et déclencher l’obligation d’émission dès septembre 2026. C’est un effet de seuil que beaucoup de pages SEO ignorent.
Le choix d’un assujetti unique se notifie au plus tard le 31 octobre pour prendre effet au 1ᵉʳ janvier suivant, et engage le groupe pour une période minimale de trois ans. Décision structurante à arbitrer avec l’expert-comptable, idéalement avant l’échéance d’émission 2027 si la bascule paraît pertinente.
Pour une holding patrimoniale en SCI à l’IS non assujettie à la TVA, Indy reste le rapport simplicité/prix le plus net du marché. Liasse 2065 télétransmise, gestion des associés personnes morales.
Ce qui pèse réellement dans le choix d’une plateforme agréée pour holding
Sur les 115 plateformes agréées immatriculées par la DGFiP au printemps 2026, la plupart sont conçues pour une entreprise unique. Les holdings posent trois besoins spécifiques qui réduisent drastiquement le périmètre des candidats sérieux.
La gestion multi-entités native, le vrai différenciant
Une holding pilote plusieurs entités juridiques distinctes. La plateforme doit permettre de gérer chacune avec son propre SIREN, son propre annuaire de réception, sa propre déclaration de TVA, tout en offrant une vue consolidée pour le dirigeant. Jongler entre plusieurs instances distinctes du même logiciel est non seulement chronophage, mais aussi source d’erreurs de paramétrage récurrentes.
Pennylane a lancé sa fonctionnalité Multi-Entités en phase pilote début 2026, avec plus de 600 groupes créés. Les briques saisie centralisée, intercos et bilan agrégé arrivent au second semestre 2026. Sage Intacct, Cegid Quadra, Sage 1000 et Exact Online couvrent aussi ce besoin, mais sur des budgets ETI sans rapport.
Le traitement des refacturations intersociétés
Refacturer un loyer, un salaire de DAF mutualisé, un abonnement logiciel ou une prestation juridique entre la holding et ses filiales représente la majorité du volume facture interne. La plateforme doit savoir générer ces factures avec les bonnes mentions, les transmettre via le canal réglementaire au 1ᵉʳ septembre 2026, et les éliminer automatiquement au moment de la consolidation.
Un outil qui ne propose pas l’écriture intercos automatique oblige à doubler la saisie côté holding et côté filiale, avec un risque d’écart entre les deux comptabilités qui éclatera au moment du bilan. C’est précisément le sujet sur lequel les plateformes orientées freelance ou TPE atteignent vite leurs limites.
L’intégration cabinet comptable et la liasse fiscale groupe
Dans presque toutes les structures avec holding, un cabinet d’expertise comptable est dans la boucle, soit pour la révision, soit pour la production complète. La plateforme doit offrir un accès dédié expert-comptable, un export FEC normalisé multi-sociétés, et une compatibilité avec les outils de production de liasse fiscale groupe (notamment pour les régimes d’intégration fiscale au-delà de 95 % de détention).
C’est là que se joue le vrai écart de coût total d’usage. Une plateforme à 29 € HT/mois avec un mauvais export oblige le cabinet à ressaisir des écritures à chaque clôture, ce qui se répercute directement sur sa facture annuelle.
Quelles plateformes correspondent à votre profil de holding ?
Trois familles de holding se dessinent dans la pratique, chacune avec son outil de référence. Le découpage qui suit n’est pas exhaustif, il vise les configurations majoritaires.
Holding opérationnelle avec filiales actives
C’est le cas standard d’une SAS ou SARL holding qui anime un groupe de PME ou de TPE via management fees. Pennylane domine ce segment grâce à son module multi-entités natif et son réseau de cabinets partenaires. Sa formule à 29 € HT/mois pour la première entité, complétée à mesure que des filiales s’ajoutent, reste sous la barre psychologique de l’ERP. Sellsy et Dougs jouent aussi sur ce terrain mais avec une couverture intercos plus partielle à date.
Holding patrimoniale sous forme SCI à l’IS
Une part significative des holdings patrimoniales prend la forme d’une SCI à l’impôt sur les sociétés non assujettie à la TVA. Indy couvre spécifiquement ce cas depuis 2025, avec gestion des associés personnes morales, registre d’immobilisation, et liasse 2065 télétransmise. C’est le seul outil grand public à proposer une comptabilité d’engagement SCI IS dans cette gamme de prix. Limite à retenir: dès que la holding bascule en SCI assujettie ou en société commerciale, Indy ne suit plus, et la migration vers Pennylane devient incontournable.
Holding ETI ou groupe à fort volume B2B
Au-delà d’une dizaine de filiales ou avec un volume mensuel de plusieurs milliers de factures, les SaaS grand public ne suivent plus. Le terrain devient celui des ERP classiques: Cegid Quadra, Sage 1000, Microsoft Dynamics 365, Sage Intacct pour les structures internationales. Ces outils prennent en charge la consolidation aux normes, les éliminations intragroupes, la gestion multi-devises et l’audit trail exigé par les commissaires aux comptes. Budget annuel souvent compris entre 15 000 € et 60 000 € avec implémentation, à arbitrer contre le gain de visibilité groupe et l’économie temps comptable.
Pour structurer un groupe de sociétés
La plateforme la mieux placée pour les holdings animatrices avec filiales actives. Gestion multi-entités, refacturations intercos automatisées, intégration cabinet comptable native. 14 jours d’essai sans engagement.
Démarrer avec Pennylane →Questions fréquentes
Une holding passive doit-elle s’inscrire à une plateforme agréée ?
Oui, pour la réception. Toute personne morale en activité doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs (expert-comptable, avocat, banque) au 1ᵉʳ septembre 2026, indépendamment de son statut TVA. La holding passive est en revanche dispensée d’émission tant qu’elle ne facture aucune prestation à ses filiales ou à des tiers. Une inscription gratuite suffit pour couvrir cette obligation minimale.
Comment facturer des management fees en e-invoicing ?
Comme toute prestation B2B classique. La holding émet sa facture via sa plateforme agréée, qui la transmet à la plateforme de la filiale destinataire. Les mentions obligatoires sont identiques à une facture classique, avec en plus les quatre nouvelles mentions de la réforme (catégorie de l’opération, option TVA sur les débits, adresse de livraison si différente, et précision sur la nature de l’opération). La convention de management fees doit exister en amont mais ne figure pas sur la facture elle-même.
Peut-on utiliser une seule plateforme agréée pour la holding et toutes ses filiales ?
Techniquement, chaque entité juridique reste un assujetti distinct avec son propre SIREN, sa propre adresse de réception et son propre paramétrage. Mais une plateforme avec gestion multi-entités, comme Pennylane ou Sage Intacct, mutualise l’interface et permet au dirigeant de piloter l’ensemble depuis un seul écran. Un seul abonnement maître, plusieurs entités rattachées. C’est aujourd’hui la configuration la plus efficace pour les groupes de moins de dix sociétés.
Que faire si la holding bascule de passive à animatrice en cours d’année ?
La bascule se déclenche dès la première facture de prestation émise à une filiale. La holding doit alors déclarer une TVA collectée, s’inscrire au régime réel et calculer son coefficient de déduction sur la période. La plateforme agréée déjà choisie doit pouvoir gérer cette transition sans repartir de zéro, sinon la migration devient lourde. C’est l’un des arguments en faveur d’un outil dimensionné dès le départ pour une holding mixte, même si l’activité réelle reste passive au démarrage.
Quelle sanction en cas de non-conformité d’une holding au 1ᵉʳ septembre 2026 ?
L’article 123 de la loi de finances 2026 a sensiblement durci les sanctions. Le défaut d’émission d’une facture électronique est désormais sanctionné à hauteur de 50 € par facture contre 15 € auparavant, plafonné à 15 000 € par an. Les manquements aux obligations de transmission de données entraînent une amende de 500 € après mise en demeure, puis 1 000 € tous les trois mois jusqu’à régularisation. Pour une holding qui refacture 200 management fees par an à ses filiales, la note peut donc grimper rapidement.