Longtemps, une idée reçue a circulé chez les auto-entrepreneurs : franchise en base de TVA, donc pas concerné par la facturation électronique. C’est faux. La réforme touche toutes les entreprises assujetties à la TVA, et la franchise n’efface pas ce statut. Au 1ᵉʳ septembre 2026, tout micro-entrepreneur doit pouvoir recevoir une facture électronique via une plateforme agréée. Au 1ᵉʳ septembre 2027, il devra aussi émettre les siennes au format structuré et déclarer ses ventes B2C en e-reporting.
Le choix d’une plateforme agréée pour une micro-entreprise ne ressemble pas à celui d’une PME. Le volume facturé reste faible, le besoin de comptabilité est souvent inexistant, et chaque euro mensuel pèse sur la marge. Notre guide de la plateforme agréée par profil détaille les arbitrages par taille d’entreprise. Cette page se concentre sur le cas spécifique du régime micro et sur les trois ou quatre plateformes qui méritent un test sérieux.
Reste un piège que la plupart des contenus généralistes survolent : la franchise en base ne dispense pas de l’e-reporting, et les ventes aux particuliers déclenchent une obligation déclarative bimestrielle dont l’oubli coûte cher. Détaillons.
La PA pensée pour les auto-entrepreneurs, conforme 2026
Facturation électronique, déclaration URSSAF et suivi du chiffre d’affaires dans le même outil. Statut PA confirmé par la DGFiP, interface adaptée au régime micro, gestion B2C et B2B au même endroit.
- Conçue spécifiquement pour la micro-entreprise
- Déclaration URSSAF intégrée et suivi des seuils
- Premier paiement à partir de 7,20 € HT/mois
Auto-entrepreneur et facturation électronique : ce qui s’applique vraiment
La réforme touche plus de 10 millions d’acteurs économiques, indépendants compris. Les auto-entrepreneurs y entrent par deux portes : la réception obligatoire dès 2026, puis l’émission et l’e-reporting un an plus tard. Aucun statut, aucun chiffre d’affaires, aucune option fiscale ne permet d’y échapper.
Calendrier 2026/2027 : qui doit être prêt et quand
Deux dates structurent toute la décision. Au 1ᵉʳ septembre 2026, l’obligation de réception s’applique à toutes les entreprises, micro-entreprises incluses. Concrètement, un fournisseur grande entreprise pourra commencer à envoyer ses factures via une plateforme agréée dès cette date. Sans PA configurée, l’auto-entrepreneur ne reçoit plus rien dans les règles. La TVA d’achat, quand elle est récupérable, devient non déductible.
Au 1ᵉʳ septembre 2027, deuxième vague : émission obligatoire des factures B2B au format structuré et déclaration e-reporting des autres flux. C’est l’échéance la plus structurante pour les micro-entrepreneurs qui facturent majoritairement des professionnels. Anticiper le choix de la plateforme entre 2026 et 2027 reste plus simple que migrer en urgence à un mois de la bascule.
La franchise en base de TVA ne dispense de rien
La confusion vient d’un raccourci sémantique. Un auto-entrepreneur en franchise ne collecte pas la TVA, mais reste juridiquement assujetti à cette taxe. Or la réforme cible précisément les assujettis, pas les redevables. Résultat : être en franchise change le contenu des factures (mention spécifique, pas de TVA affichée), mais pas l’obligation d’utiliser une plateforme agréée. Le cas particulier des activités en franchise en base, sans TVA collectée, suit exactement le même calendrier.
Faux. La franchise en base ne sort pas la micro-entreprise du champ de la TVA, elle l’exonère seulement de la collecter. L’obligation de réception au 1ᵉʳ septembre 2026 s’applique sans aucune dérogation liée au chiffre d’affaires ou au régime fiscal.
Réception, émission, e-reporting : trois obligations distinctes
Beaucoup d’articles mélangent les trois piliers. C’est pourtant le découpage utile pour comprendre ce qui est vraiment obligatoire à chaque date. La réception impose d’avoir une PA active capable de récupérer les factures fournisseurs au format structuré. L’émission impose de produire ses propres factures B2B dans un format normé (Factur-X, UBL ou CII) et de les transmettre via la même PA. L’e-reporting couvre tout ce qui n’est pas une facture B2B française : ventes aux particuliers, clients étrangers, certaines associations.
Pour un auto-entrepreneur prestataire B2C type coach, esthéticienne ou consultant freelance qui travaille avec des particuliers, la facture électronique stricte ne s’applique pas. L’e-reporting, lui, est inévitable. Et c’est précisément la zone où les sanctions s’accumulent le plus vite.
Comment choisir une plateforme agréée quand on est en micro-entreprise
Le marché compte plus de 112 plateformes agréées immatriculées par la DGFiP au printemps 2026. Toutes ne se valent pas pour un auto-entrepreneur. Beaucoup ciblent les ETI ou les cabinets comptables, avec des prix d’entrée à 50 ou 80 € HT/mois et des fonctionnalités totalement disproportionnées par rapport au besoin réel. Les plateformes agréées pour freelance partagent largement les mêmes critères que celles pour micro, à un détail près : la micro intègre la gestion URSSAF dans le scope utile.
Les quatre critères qui pèsent vraiment pour un solopreneur
Le tarif d’entrée arrive en tête : sur des chiffres d’affaires inférieurs à 30 000 € par an, un abonnement à 30 € HT/mois représente déjà près de 1,2 % de la marge. Plusieurs PA proposent une offre gratuite réellement utilisable pour des volumes modérés, généralement jusqu’à 12 K€ HT annuels. Au-delà, il faut basculer sur une formule à 7 à 15 € HT/mois.
Le deuxième critère, c’est la gestion du régime micro intégrée. Une PA générique permet de facturer, point. Une PA pensée pour la micro affiche les seuils en temps réel, alerte avant le dépassement, calcule l’URSSAF à payer et pré-remplit la déclaration mensuelle ou trimestrielle. L’écart d’usage est radical. Troisième critère : la compatibilité B2C, c’est-à-dire la capacité à séparer automatiquement les flux d’e-invoicing et d’e-reporting selon la nature du client. Quatrième : la portabilité, parce que changer de PA plus tard doit rester un clic, pas un projet.
Conformité DGFiP : vérifier l’immatriculation, pas la promesse marketing
Le statut DGFiP se vérifie en deux minutes sur la liste officielle publiée sur impots.gouv.fr. Trois niveaux existent : immatriculation définitive (production possible immédiatement), immatriculation sous réserve (encore en tests d’interopérabilité), et candidature en cours (à éviter pour un usage immédiat). Une PA en candidature ne peut pas opérer pour vous au 1ᵉʳ septembre 2026.
L’argument « solution compatible » mérite aussi attention. Une solution compatible n’est pas une PA : elle gère la création de factures, mais doit s’adosser à une PA réelle pour la transmission légale. Pour un auto-entrepreneur, la simplification consiste à choisir une PA tout-en-un, pas à empiler deux outils. Les plateformes agréées pour profession libérale appliquent la même logique avec un module fiscal BNC en plus.
Pour un auto-entrepreneur qui veut une PA gratuite à l’entrée et une compta intégrée prête pour la sortie de la micro : Indy reste le rapport conformité/prix le plus net du marché.
Abby, Indy, Pennylane : trois plateformes qui dominent la micro
Sur les 112 PA immatriculées, une poignée seulement combine offre gratuite réelle, ergonomie adaptée et fiscalité micro intégrée. Trois noms reviennent dans la quasi-totalité des comparateurs sérieux : Abby, Indy et Pennylane. Chacun couvre un segment distinct du régime micro, et le bon choix dépend essentiellement du profil d’activité.
Abby : la PA pensée pour la micro-entreprise
Abby est l’une des rares plateformes à avoir construit son produit autour du régime micro, et non l’inverse. L’interface affiche les seuils de chiffre d’affaires en temps réel, la déclaration URSSAF se génère en deux clics, et la gestion B2C ne demande aucun paramétrage particulier. Pour un auto-entrepreneur qui veut un outil unique du devis à la déclaration sociale, c’est aujourd’hui l’option la plus aboutie sur ce segment.
L’offre gratuite reste limitée mais suffisante pour démarrer. Le passage à 7,20 € HT/mois sur la formule Pro débloque les relances automatiques, le multi-utilisateurs et l’export comptable. À 9,99 € HT/mois sur Business, on ajoute la gestion d’équipe et les fonctionnalités avancées de pilotage. Le ticket d’entrée le plus bas du marché PA sur ce segment.
Indy : le combo facturation et comptabilité simplifiée
Indy s’est imposé comme la référence chez les indépendants français avec 4,8/5 sur plus de 10 000 avis Trustpilot. Sa logique diffère d’Abby : la facturation est gratuite et illimitée même au-delà des seuils, mais la valeur ajoutée se concentre sur la comptabilité automatisée (déclaration 2035/2042 assistée, connexion bancaire native, suivi fiscal). Le module facturation électronique est inclus dans toutes les offres, y compris la version gratuite.
Pour un auto-entrepreneur, la formule gratuite couvre 90 % du besoin. La bascule à 12 € HT/mois n’intervient que pour profiter du suivi comptable plus poussé, particulièrement utile en BNC. Indy ouvre aussi un compte pro gratuit avec carte Mastercard incluse dans l’offre de base, ce qui supprime un poste de coût pour ceux qui n’ont pas encore de banque pro.
Pennylane : la montée en gamme quand la sortie du régime micro approche
Pennylane n’est pas le choix par défaut pour une micro qui démarre. Mais dès que les seuils approchent et que la bascule vers une structure TPE devient probable dans les 12 à 24 mois, le calcul change. Pennylane couvre la totalité du parcours, du devis B2C en franchise jusqu’à la liasse fiscale en SASU, sans changer d’outil. C’est le standard du marché côté expert-comptable, ce qui simplifie aussi le passage en mission comptable externalisée.
L’offre démarre à 14 € HT/mois sur Solo, avec 14 jours d’essai sans carte bancaire. Le rapport prix-fonctionnalités reste tendu sur les volumes très faibles, mais il s’inverse vite dès qu’on dépasse les 50 factures mensuelles ou qu’un cabinet comptable entre dans la boucle.
E-reporting B2C : le piège qui guette les ventes aux particuliers
L’e-invoicing concentre toute l’attention médiatique, mais l’e-reporting est probablement plus piégeux pour un auto-entrepreneur. Il s’applique dès qu’une vente ne donne pas lieu à une facture B2B française : vente à un particulier, prestation à un client étranger, facturation d’une association non assujettie. Ce qui couvre une part majoritaire du chiffre d’affaires de beaucoup de micro-entrepreneurs.
Quelles ventes déclenchent l’e-reporting
Trois grandes catégories sortent du circuit de la facture électronique stricte et basculent sur l’e-reporting. Les ventes B2C d’abord : un esthéticien, un coach sportif, un développeur web qui prend des clients particuliers. Les opérations internationales ensuite : vente à un client professionnel à l’étranger, livraison intracommunautaire, exportation hors UE. Certaines activités spécifiques enfin : santé, formation, enseignement, immobilier, où les règles d’assujettissement TVA créent des cas particuliers.
La plateforme agréée s’occupe de tout, à condition d’avoir paramétré correctement la nature du client à la création du devis. C’est précisément là où Abby et Indy se distinguent : la qualification automatique du client B2B/B2C/international évite la confusion qu’on retrouve sur des PA généralistes.
Fréquence de transmission et risques en cas de retard
En régime micro avec franchise de TVA, la transmission e-reporting est bimestrielle, soit tous les deux mois. C’est le rythme le plus léger prévu par la réforme. La PA agrège les données et les envoie automatiquement à la DGFiP. Aucune action manuelle, à condition que les factures aient été émises dans l’outil sur la période.
Le non-recours à une plateforme agréée pour la réception est sanctionné après mise en demeure de trois mois : 500 € à l’expiration du délai, puis 1 000 € tous les trois mois jusqu’à régularisation. Une facture émise hors PA après septembre 2027 coûte 50 € par facture, plafonné à 15 000 € par an. Cumulés, ces montants montent vite chez un auto-entrepreneur qui pensait être hors champ.
Combien coûte une PA pour un auto-entrepreneur (et où sont les frais cachés)
Le budget annuel d’une plateforme agréée pour un auto-entrepreneur oscille entre 0 et 180 € HT par an selon les fonctionnalités retenues. C’est l’ordre de grandeur à garder en tête, loin des chiffres alarmistes parfois entendus. Mais le prix affiché ne couvre pas toujours le coût réel d’usage.
Le vrai prix d’entrée des PA accessibles aux micro
Quatre plateformes agréées proposent une offre réellement gratuite et utilisable au quotidien pour un auto-entrepreneur : Indy, Abby, Tiime et Qonto Facturation. Les limites se trouvent généralement sur le nombre de factures mensuelles, le nombre d’utilisateurs ou les fonctionnalités avancées (relances, multi-comptes, export comptable). Pour un volume inférieur à 30 factures par mois et un usage solo, la formule gratuite couvre l’essentiel.
En formule payante, le ticket d’entrée s’étale de 7,20 € HT/mois chez Abby à 14 € HT/mois chez Pennylane Solo, en passant par 12 € HT/mois chez Indy. À conditions identiques, c’est-à-dire facturation conforme + comptabilité de base + déclarations fiscales, l’écart se mesure davantage à l’ergonomie qu’au tarif lui-même.
Ce que les pages tarifaires ne disent jamais
Trois postes échappent souvent à la grille publique. Le temps de paramétrage initial d’abord, généralement 3 à 6 heures pour configurer correctement la TVA, les seuils, les modèles de facture et l’annuaire client. Sur une micro, ce temps est offert par soi-même mais il coûte une demi-journée. Les frais de transaction ensuite, quand on active le paiement en ligne intégré : Abby et Pennylane facturent 1,5 à 2,9 % par paiement carte selon le moyen, ce qui peut peser sur un mode de facturation B2C avec acompte. Les options annexes enfin : signature électronique avancée, archivage légal sur 10 ans, intégrations bancaires multi-comptes.
À profil identique, le coût total d’usage sur un an reste sous les 200 € pour un auto-entrepreneur en formule payante, et sous les 50 € pour qui se contente d’une offre gratuite. Très loin des budgets PME ou ETI qui dépassent les 1 000 € HT/mois.
Préparer la sortie du régime micro
Pour un auto-entrepreneur qui sent venir le dépassement de seuil et la bascule vers une société, Pennylane couvre les deux régimes sans changement d’outil. Conformité 2026 garantie, écosystème expert-comptable solide, 14 jours d’essai sans carte bancaire.
Essayer Pennylane gratuitement →Questions fréquentes
La facturation électronique est-elle vraiment obligatoire pour un auto-entrepreneur en franchise de TVA ?
Oui, sans exception. La franchise en base de TVA exonère de la collecte de TVA, pas du statut d’assujetti. Or la réforme cible précisément les entreprises assujetties, y compris celles qui ne facturent pas la TVA à leurs clients. Au 1ᵉʳ septembre 2026, toute micro-entreprise doit pouvoir recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée, peu importe son chiffre d’affaires ou son régime fiscal.
Peut-on changer de plateforme agréée après l’avoir choisie ?
Oui, à tout moment et sans contrainte. Le choix d’une PA n’est jamais définitif. La migration consiste essentiellement à mettre à jour ses lignes d’adressage dans l’annuaire central de la DGFiP et à informer ses fournisseurs du nouveau routage. La plupart des PA proposent une migration assistée gratuite, traitée en quelques jours ouvrés. L’important est d’avoir une PA active à la date du 1ᵉʳ septembre 2026.
Que se passe-t-il en cas d’absence de PA au 1ᵉʳ septembre 2026 ?
Le risque immédiat n’est pas l’amende, mais l’impossibilité de recevoir les factures de ses fournisseurs au format réglementaire. Concrètement, la TVA d’achat n’est plus déductible, et certains fournisseurs grande entreprise pourront refuser d’émettre une facture vers un destinataire sans PA. L’administration adresse une mise en demeure de trois mois, puis applique une pénalité de 500 €, suivie de 1 000 € tous les trois mois jusqu’à régularisation.
Le Portail Public de Facturation reste-t-il une option gratuite ?
Plus en tant qu’interface utilisateur. La loi de finances pour 2026 a acté l’abandon du PPF comme solution publique gratuite : il joue désormais un rôle purement technique d’annuaire et de concentrateur de données. Toutes les entreprises, y compris les plus petites, doivent passer par une plateforme agréée privée. La gratuité réelle se trouve désormais chez certaines PA privées comme Indy, Abby, Tiime ou Qonto Facturation sur leurs offres de base.
Une solution compatible suffit-elle ou faut-il obligatoirement une plateforme agréée ?
Pour la conformité, il faut au minimum être relié à une plateforme agréée. Une solution compatible (ex-opérateur de dématérialisation) gère la création de factures mais ne peut pas transmettre légalement à la DGFiP : elle doit s’adosser à une PA pour cette partie. Pour un auto-entrepreneur, le plus simple consiste à utiliser directement une PA tout-en-un, sans empiler deux outils. C’est aussi plus économique sur la durée.